在婴儿刚出生不久后，他们身上（皮肤上、口中甚至是肠道中）布满了各种细菌。这些细菌都来源于母亲的产道、（顺产过程中的）排泄物以及母亲的皮肤和嘴，当然甚至还有可能来自于胎盘（当然这一点还尚存争议）。
这些大批生长的微生物组，可能会对婴儿健康产生深远的影响。
有关研究表明，婴儿在出生后两年所携带的所有微生物组，可能会导致后期出现肥胖症状的风险。剖腹产的婴儿更容易变得肥胖，或者可能更容易患上如1型糖尿病和哮喘等自身免疫性疾病。
最近，科学家又发现了导致婴儿携带微生物组的另一重大因素。他们发现，母亲的母乳充满了大量细菌，而这些细菌又可以附着在婴儿的肠道内，从而会对婴儿的免疫系统和新陈代谢系统产生积极的影响。
此外，科学家还发现，只有在通过母乳喂奶的方式下（即便通过抽奶器抽出来再用奶瓶喂婴儿也不行），母乳中才会有丰富的有益细菌。当然，抽奶器抽出的奶中，也富含大量乳房喂奶方式下产生的营养物质。
然而，关于微生物组的发现，可能会给许多女性带来焦虑：医疗建议、母乳喂奶的社会压力、以及有关政策或身体原因，导致她们无法通过母乳喂奶的方式喂食自己的婴儿。
特别是稍微大一点的婴儿的肠道微生物组，“而影响其微生物组成分的核心因素，就是他们被喂食的东西。”加拿大曼尼托巴大学（University of Manitoba）儿科研究员、流行病专家梅根·阿扎德（Meghan Azad）称，“从某种角度而言，这个消息不仅对母亲有帮助，而且对整个社会都有帮助，即母乳喂奶是非常重要的。”
母乳喂奶过程中的微生物组以及其重要性，也才刚刚被人们发现。
母乳中的细菌数量要比粪便中的细菌少得多，而通常要测试肠道细菌，也都是通过粪便来取样的。目前，科学家还没有找到恰当的工具来分析研究母乳。但随着科学的进步，研究人员发现，母乳喂奶可以产生更深远的影响，它可以让婴儿的微生物组中富含更多的有益细菌。
众所周知的是，剖腹产的婴儿可能会缺乏许多有用的细菌。而如果母亲或婴儿使用了抗生素，那也会影响婴儿身上刚出现的细菌数量，而通过母乳喂奶的方式，正好可以在某种程度上弥补这些不足。
“这些说明其实大家很早就知道，”美国俄克拉荷马大学（University of Oklahoma）哈罗德·哈姆糖尿病中心（Harold Hamm Diabetes Center）主任杰德·弗里德曼（Jed Friedman）称，“而如果不通过母乳喂奶的方式，而换用配方奶粉的话，或者如果母亲还使用了抗生素的话，那就会导致婴儿缺乏必要的细菌，最后结果就可能会大相径庭。而如果这些因素叠加在一起的话，后果可能就更严重。”
一直以来，人们都认为母乳中含有人乳寡糖。但研究却发现这种糖分对微生物组的发展非常重要，而因此也受到了大量的关注。
奶牛可以产生约40种寡糖，而人类母乳中则含有超过100种寡糖成分，尽管每个母亲其母乳中寡糖成分数量可能存在差异。此外，母乳中还含有一系列特别的激素、抗生素以及细菌组合，而这一组合则可以满足婴儿的有关需求。